多數慢性疾病問題都需要運動治療，所有運動傷害或是退化性疾病，都可能有需要改善的活動度、訓練身體的肌肉正確使用、增加力量，才能夠長期改善，避免永遠停留在只處理症狀的層次。運動本身就是一種治療，即便只是全身性運動也具有部分止痛效果，而和一般自己隨便動一動相比，診所之運動治療更著重在學習如何建立正確動作控制的能力以及基礎肌力。而糖尿病、高血壓、心肺功能問題之病人，也需要根據「運動處方」來安排適當的運動強度，來防止疾病惡化、感善生理機能。